Der Tenor Markus Schäfer und der Pianist Thomas Seyboldt konzertierten schon mehrfach gemeinsam bei Solo-Liederabenden. Außerdem arbeiten sie intensiv im Ensemble „Schubert hoch vier“ zusammen, das Seyboldt gründete und dessen Premieren-CD mit dem internationalen Schallplattenpreis „Pizzicato Supersonic Award“ ausgezeichnet wurde.

Markus Schäfer gilt als herausragender, sensibler Liedinterpret und feierte große Erfolge in Wien und New York, bei der Schubertiade Ettlingen, in Melbourne oder beim Eclat Festival Stuttgart, beim Heidelberger Frühling, den Fürstensaal Classix Kempten und den „Schubertiaden“ Feldkirch und Schwarzenberg. Sein außergewöhnlicher Rang als Liedsänger zeigt sich auch an seiner Präsenz bei Gesamteinspielungen der Lieder von Peter Cornelius, Franz Liszt und Arnold Schönberg. Weitere Aufnahmen mit Liedern von Sigfrid Karg-Elert und Max Reger wurden ebenfalls mit höchstem Kritikerlob bedacht. Mahlers "Lied von der Erde" erschien in der rekonstruierten Urfassung für vier Solisten und Orchester. Aktuelle CD-Aufnahmen sind bei dreyer gaido erschienen und widmen sich Liedern von MaxReger zum Jubiläum 150 Jahre (mit Ernst Breidenbach am Klavier) sowie Dinu Lipatti mit dem Pianisten Mihai Ungureanu.

Eine intensive Zusammenarbeit verbindet ihn mit den Pianisten Hartmut Höll, Christian de Bruyn, Matthias Veit und Markus Hadulla, regelmäßig auch mit Thomas Seyboldt.

Markus Schäfer studierte Gesang und Kirchenmusik in Karlsruhe und Düsseldorf bei Armand McLane. Er war Preisträger in Berlin (Bundeswettbewerb Gesang) und Mailand (Caruso-Wettbewerb). Nach dem Besuch des Opernstudios in Zürich gab er dort sein Debüt und erhielt sein erstes Engagement. Es folgten Stationen als Ensemblemitglied an der Hamburgischen Staatsoper sowie an der Deutschen Oper am Rhein Düsseldorf.

Gastspiele und Konzertreisen führten ihn an viele der bedeutendsten Philharmonien, Opernhäuser und Festivals. Der lyrische Tenor hat sich besonders in Opernpartien des Mozart-Fachs, als Evangelist in den Passionen Johann Sebastian Bachs sowie in den großen Oratorien des 19.Jahrhunderts einen hervorragenden Ruf erworben. Er sang am Theater an der Wien, den Staatsopern Berlin und München, dem Aalto-Theater Essen und der Oper Köln und gastierte bei den Festivals in Aix-en-Provence, Salzburg und Luzern. Dabei arbeitet er u.a. mit Dirigenten wie René Jacobs, Frans Brüggen, Philippe Herreweghe, Ton Koopman, Kent Nagano, Stefan Soltesz, Fabio Luisi, Jun Märkl oder Yakov Kreizberg zusammen. 

Zahlreiche preisgekrönte CD-Aufnahmen sowie Rundfunkproduktionen dokumentieren das breite Spektrum seines Könnens, das neben Barockmusik, klassischen und romantischen Werken auch Uraufführungen zeitgenössischer Musik etwa von Rihm und Killmayer beinhaltet. Im Bereich Oper und Konzert gelangen herausragende Einspielungen u.a. mit Mozarts „Cosi fan tutte“ unter Sigiswald Kuijken und seiner La Petite Bande sowie mit Bachs „Matthäus-Passion“ mit dem Concentus Musicus Wien unter Nikolaus Harnoncourt, die mit dem Grammy ausgezeichnet wurde.

2023 erschien die CD-Aufnahme der „Matthäus-Passion“ von Johann Heinrich Rolle mit der Kölner Akademie unter Leitung von Michael Alexander Willens.

Zum Wintersemester 2008 erhielt Markus Schäfer einen Ruf als Gesangsprofessor an die Hochschule für Musik, Theater und Medien Hannover.